Значение систематики для современной биологии можно выразить словами известного российского ботаника, знатока систематики, Армена Леоновича Тахтаджяна:
Систематика есть одновременно и фундамент и венец биологии, её начало и конец.
Методы, применяемые для построения систем классификации растений, совершенствовались с развитием науки.
В современной филогенетической систематике можно выделить три крупные группы методов:
- Биологические методы, то есть методы основанные на изучение самих растительных организмов В пределах группы биологических методов выделяются следующие методы:
- Морфологические методы, которые включают в себя собственно морфологический, анатомический, карпологический (то есть изучение плодов растений), палинологический (изучение пыльцы), кариологический (изучение содержимого клеточных ядер) и тератологический (изучение уродов растительного мира).
- Биохимические методы, основанные на изучении биохимических превращений в растительных организмах.
- Физиологические, в основе которых лежит изучение физиологических процессов и реакций растений.
- Собственно биологические: генетические, онтогенетические (изучение развития организма от зарождения до биологической смерти) и гибридологические (изучения гибридов и их генетических и биологических проявлений).
- Топологические методы, основанные на изучении среды обитания растений. К ним относятся:
- Географический метод — изучение современного распространения растений.
- Экологический метод, основанный на изучении местообитания растений.
- Фитоценологический, основывается на изучении структуры растительных сообществ.
- Вспомогательные или математические методы, к которым относятся вариационно-статистическая обработка и корреляционный анализ.
Классификация растений вызывает сложности в том числе и из-за разногласий между сторонниками монофилии и полифилии.